Kirpi Sonic filminin devam halkası olan yapımda, insan biçiminde bir kirpi olan Sonic'in atıldığı maceralar konu ediliyor. Green Hills’e yerleşen Sonic’in tek isteği, gerçek bir kahraman olması için gereken özelliklere sahip olduğunu kanıtlayabilmektir. Sonic’in sınavı, Dr. Robotnik’in ortağı Knuckes ile birlikte medeniyetleri yok edebilecek güce sahip bir zümrüdü aramak için geri dönmesiyle başlar. Zümrüdün yanlış ellere geçmesini engellemek için Sonic, yardımcısı Tails ile birlikte macera dolu bir yolculuğa çıkar.